Taman Nasional Bukit Baka Bukit Raya dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem- Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan berupa Balai Taman Nasional Bukit Baka Bukit Raya dengan struktur organisasi: