Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor P.7/Menlhk/Setjen/OTL.0/1/2016 tanggal 29 Januari 2016 tentang Organisasi  dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Taman Nasional,  Balai Taman Nasional Bukit Baka Bukit Raya (TNBBBR) termasuk Tipe B setingkat eselon III a. Struktur organisasinya terdiri atas: Kepala Balai TNBBBR dibantu oleh 1 (satu) pejabat eselon IV a yang berkedudukan di Kantor Balai, yaitu Kepala Sub Bagian Tata Usaha dan 2 (dua) Pejabat eselon IV di wilayah yaitu Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah I Nanga Pinoh dan Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah II Kasongan.

Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Balai TNBBBR Nomor SK.01/BTNBBBR/TU/PEG.2/1/2020 tanggal 2 Januari 2020, Kepala Balai TNBBBR dikantor Balai dibantu oleh Kepala Sub Bagian Tata Usaha yang langsung membawahi 6 (enam) urusan, yaitu urusan program, anggaran, kerjasama dan pelayanan, urusan persuratan, urusan kepegawaian, urusan keuangan, urusan perlengkapan dan kerumahtanggan, urusan pengelolaan data, pemantauan, evaluasi dan pelaporan, perpustakaan serta kehumasan.

Sedangkan di wilayah, Kepala Balai dibantu oleh 7 (tujuh) Kepala Resort yaitu Resort Belaban, Mentatai, Rantau Malam dan Meroboi (SPTN Wilayah I Nanga Pinoh), Kuluk Sepangi, Tumbang Hiran dan Tumbang Habangoi (SPTN Wilayah II Kasongan). Setiap resort dialokasikan sebanyak 2 sampai 3 orang petugas disesuaikan dengan tingkat permasalahannya. Tugas Kepala Resort adalah mengkoordinir pengamanan di dalam kawasan, seperti kegiatan patroli (rutin, fungsional, dan gabungan), serta tugas keluar kawasan seperti pembinaan ke masyarakat dan penyuluhan. Penyebaran pegawai hingga ke tingkat resort, merupakan kebijakan dari pengelola dalam upaya menanggulangi permasalahan–permasalahan yang terjadi dan perkembangan di lapangan agar dapat diselesaikan dengan cepat. Selain itu juga mewujudkan petugas yang dekat dengan masyarakat dan memahami permasalahan sosial masyarakat sekaligus menumbuh kembangkan rasa kepedulian dan partisipasi masyarakat untuk bersama-sama melindungi keutuhan dan keberadaan kawasan hutan Taman Nasional Bukit Baka Bukit Raya.